中文זן חדש של וירוס קורונה 501Y-V2 מדרום אפריקה
ב-18 בדצמבר 2020, דרום אפריקה זיהתה מוטציה 501Y-V2 של נגיף הקורונה החדש.כעת המוטנט הדרום אפריקאי התפשט ליותר מ-20 מדינות.ניסויים הראו שמעל המוטציות החדשות של נגיף הקורונה עשויות לשאת גרסאות אחרות של נגיף הקורונה החדש של מוטציות K417N/T, E484K ו-N501Y שיכולות להפחית את יכולת הנטרול של הנוגדנים מנטרלי הפלזמה המושרים על ידי חיסון.עם זאת, בהשוואה לגנום הייחוס Wuh01 (מספר רצף MN908947), לרצף 501Y.V2 של רצף הגנום המוטנטי של דרום אפריקה יש 23 וריאנטים של נוקלאוטידים.יש לו את אותה מוטציית N501Y כמו תת-סוג המוטנט בבריטניה B.1.1.7, אך עדיין מכיל מוטציות בשני אתרי מפתח E484K ו-K417N של חלבון S שיש להם השפעות פוטנציאליות חשובות על יכולת הנגיף להדביק.
נגיף הקורונה החדש הוא וירוס RNA חד-גדילי, שמוטציות הגנום שכיחות יותר.זיהוי של יעד יחיד יכול בקלות להוביל לזיהוי החמצה של דגימות עם עומס נגיפי נמוך וזני וירוסים שעברו מוטציה.שיעור הבדיקה החוזרת ביחיד חיובי בזיהוי היעד, יכול להגיע ליותר מ-10%, מה שעשוי להגביר את עומס העבודה ולהאריך את זמן האבחון.זיהוי מרובה מטרות ואימות הדדי של התוצאות של כל מטרה יכולים להגביר את שיעור הגילוי ולהקל על האבחון המוקדם.
איור 1. דיאגרמה סכמטית של מנגנון ההדבקה החדש בקורונה
מוטנטית וירוס קורונה חדשה B.1.1.7 של בריטניה
ב-26 בדצמבר 2020, המאמר המדעי הראשון של זן B.1.1.7 פורסם באינטרנט.המכון להיגיינה אוניברסיטת לונדון בריטניה ומחלות טרופיות, אישר כי זן B.1.1.7 מסוגל להתפשט יותר מאשר זנים אחרים, שהיה יותר מ-56% (95% CI 50-74%).מכיוון שלזן המוטנטי החדש הזה יש כוח שידור ברור יותר, הפך קשה יותר לשלוט ב-COVID-19.למחרת, אוניברסיטת ברמינגהם בבריטניה העלתה מאמר ב-MedRxiv.המחקר מצא שמספר עותקי הגנים ORF1ab ו-N וירוס בחולים שנדבקו בזן המוטנטי B.1.1.7 (נשירה של גן S) גדל באופן משמעותי;תופעה זו נוטרה באוכלוסייה.מאמר זה מצביע על כך שלחולים שנדבקו במוטציה B.1.1.7 של בריטניה יש עומס ויראלי גבוה יותר באופן משמעותי, כך שמוטנט זה עשוי להיות גם פתוגני יותר.
איור 2. רצף המוטציות בגנום הכלול בזן המוטנטי של נגיף הקורונה B.1.1.7 של בריטניה
איור 3. מוטציה של N501Y התרחשה הן בבריטניה והן בדרום אפריקהגרסאות
ערכת איתור של גרסאות חדשות לקורונה
Chuangkun Biotech Inc. פיתחה בהצלחה ערכת זיהוי עבור גרסאות נגיף קורונה חדשות B.1.1.7 ו-501Y-V2.
היתרונות של מוצר זה: רגישות גבוהה, זיהוי סימולטני של 4 מטרות, המכסה את אתרי המוטציה העיקריים של זן מוטציה B.1.1.7 וזן מוטציה דרום אפריקאי 501Y.V2.ערכה זו יכולה לזהות בו זמנית את אתרי המוטציה N501Y, HV69-70del, E484K ואת הגן החדש של נגיף הקורונה S;בדיקה מהירה: זה לוקח רק שעה אחת ו-30 דקות מאיסוף הדגימה לתוצאה.
איור 4. זיהוי עקומת הגברה של וריאנט COVID-19 בבריטניה
איור 5. זיהוי של עקומת הגברה וריאנטית דרום אפריקאית של COVID-19
איור 6. עקומת הגברה חדשה של וירוס קורונה מסוג פראי
לא ברור כיצד המוטציות הללו צוברות השפעה ארוכת טווח חדשה של מגיפת COVID-19 נכון.אבל זה מזכיר לנו שהמוטציות הללו עשויות להשפיע על יעילות החסינות הטבעית והחסינות הנובעת מהחיסון.זה גם מזכיר לנו שעלינו לנטר ברציפות את נגיף הקורונה החדש במשך זמן רב ולעדכן את החיסון נגד COVID-19 כדי להתמודד עם האבולוציה של נגיף הקורונה החדש.
זמן פרסום: מרץ-12-2021